西方捕食螨bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族成員鑒定

1.1萬(wàn)字 24頁(yè) 原創(chuàng)作品，已通過(guò)查重系統(tǒng)

摘 要
在真核生物中，bHLH轉(zhuǎn)錄因子對(duì)生長(zhǎng)發(fā)育調(diào)控起到重要作用 這些轉(zhuǎn)錄因子組成了一個(gè)大家族。至今已經(jīng)在20多種生物基因組中鑒定了bHLH家族的成員 其中動(dòng)物有17 種、植物有2種、酵母有1種。動(dòng)物bHLH因其調(diào)控基因表達(dá)的功能不同而被分成45個(gè)家族。我們所要研究的西方捕食螨也是動(dòng)物的一種。動(dòng)物bHLH轉(zhuǎn)錄因子分別參與調(diào)控神經(jīng)元發(fā)生、肌細(xì)胞生成、腸組織發(fā)育以及環(huán)境毒素響應(yīng)等生物學(xué)過(guò)程。
西方捕食螨（metaseiulus occidentalis）基因組測(cè)序已經(jīng)完成，而其bHLH家族成員尚未得到鑒定。本研究對(duì)西方捕食螨基因組中bHLH基因家族成員進(jìn)行分析，取得的結(jié)果有助于對(duì)西方捕食螨bHLH轉(zhuǎn)錄因子的進(jìn)一步研究。
通過(guò)已知的45條bHLH轉(zhuǎn)錄因子的蛋白質(zhì)序列在西方捕食螨基因組內(nèi)進(jìn)行tBlastn搜索，得到相關(guān)可能的序列后，進(jìn)行整理、比對(duì)、校正和分析，再與現(xiàn)已知的西方捕食螨蛋白質(zhì)序列庫(kù)中的數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)，最后通過(guò)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行家族歸屬判斷，最終得出西方捕食螨基因組中具有38個(gè)編碼bHLH蛋白的區(qū)域，分別有12、8、5、1、1和1個(gè)成員分別屬于A、B、C、D、E和F組。此外，在西方捕食螨基因組中沒(méi)有Mesp、Paraxis、Max、MITF、AP4、TF4、MLX、SRC、HIF、BMAL及COE家族bHLH蛋白編碼的基因區(qū)域。以上結(jié)果為進(jìn)一步開(kāi)展西方捕食螨bHLH結(jié)構(gòu)與功能的研究打下了良好基礎(chǔ)。


關(guān)鍵詞：西方捕食螨，bHLH轉(zhuǎn)錄因子，blast搜索，內(nèi)含子，進(jìn)化樹(shù) 多序列比對(duì)