西方捕食螨bHLH轉錄因子家族成員鑒定

1.1萬字 24頁 原創(chuàng)作品，已通過查重系統(tǒng)

摘 要
在真核生物中，bHLH轉錄因子對生長發(fā)育調控起到重要作用 這些轉錄因子組成了一個大家族。至今已經在20多種生物基因組中鑒定了bHLH家族的成員 其中動物有17 種、植物有2種、酵母有1種。動物bHLH因其調控基因表達的功能不同而被分成45個家族。我們所要研究的西方捕食螨也是動物的一種。動物bHLH轉錄因子分別參與調控神經元發(fā)生、肌細胞生成、腸組織發(fā)育以及環(huán)境毒素響應等生物學過程。
西方捕食螨（metaseiulus occidentalis）基因組測序已經完成，而其bHLH家族成員尚未得到鑒定。本研究對西方捕食螨基因組中bHLH基因家族成員進行分析，取得的結果有助于對西方捕食螨bHLH轉錄因子的進一步研究。
通過已知的45條bHLH轉錄因子的蛋白質序列在西方捕食螨基因組內進行tBlastn搜索，得到相關可能的序列后，進行整理、比對、校正和分析，再與現已知的西方捕食螨蛋白質序列庫中的數據進行比對，最后通過構建進化樹進行家族歸屬判斷，最終得出西方捕食螨基因組中具有38個編碼bHLH蛋白的區(qū)域，分別有12、8、5、1、1和1個成員分別屬于A、B、C、D、E和F組。此外，在西方捕食螨基因組中沒有Mesp、Paraxis、Max、MITF、AP4、TF4、MLX、SRC、HIF、BMAL及COE家族bHLH蛋白編碼的基因區(qū)域。以上結果為進一步開展西方捕食螨bHLH結構與功能的研究打下了良好基礎。


關鍵詞：西方捕食螨，bHLH轉錄因子，blast搜索，內含子，進化樹 多序列比對